智能系统优化与生物信息学实验室

著作
张贵军，陈铭. WebGIS工程项目开发实践，清华大学出版社, 2016.
论文
Yan Zhang#, Yaru Zhang#, Jun Hu#, Ji Zhang, Fangjie Guo, Meng Zhou, Guijun Zhang*, Fulong Yu*, Jianzhong Su*. scTPA: A web tool for single-cell transcriptome analysis of pathway activation signatures. Bioinformatics. DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa532, 2020.
Chunxiang Peng, Xiaogen Zhou, Guijun Zhang*. De novo protein structure prediction coupling contact with distance profile. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, in press, 2020.
Xiaogen Zhou, Chunxiang Peng, Jun Liu, Yang Zhang*, Guijun Zhang*. Underestimation-assisted global-local cooperative differential evolution and the application to protein structure prediction. IEEE Transactions on Evolutionary Computation. 24(3): 536-550, 2020.
Jun Liu, Xiaogen Zhou, Yang Zhang*, Guijun Zhang*. CGLFold: a contact-assisted de novo protein structure prediction using global exploration and loop perturbation sampling algorithm. Bioinformatics. 36(8): 2443–2450, 2020.
Xiaogen Zhou, Jun Hu, Chengxin Zhang, Guijun Zhang*, Yang Zhang*. Assembling multi-domain protein structures through analogous global structural alignments. PNAS, 116(32): 15930-15938, 2019.
Guijun Zhang*,Tengyu Xie, Xiaogen Zhou, Liujing Wang, Jun Hu. Protein structure prediction using population-based algorithm guided by information entropy. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. DOI: 10.1109/TCBB.2019. 2921958, 2019.
Zhangwei Li, Ke Sun, Xiaohu Hao, Jun Hu, Laifa Ma, Xiaogen Zhou, Guijun Zhang*. Loop enhanced conformational resampling method for protein structure prediction. IEEE Transactions on NanoBioscience. DOI: 10.1109/TNB.2019.2922101, 2019
Guijun Zhang*, Xiaoqi Wang, LaiFa Ma, Liujing Wang, Jun Hu, Xiaogen Zhou. Two-stage distance feature-based optimization algorithm for De novo protein structure prediction. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. DOI: 10.1109/TCBB. 2019.2917452, 2019.
Weifeng Chen, Yinyin Ren, Guijun Zhang, Lorenz T. Biegler*. A simultaneous approach for singular optimal control based on partial moving grid. AIChE Journal. DOI:10.1002/aic.16584, 2019.
Jun Hu, Xiao-Gen Zhou, Yi-Heng Zhu, Dong-Jun Yu*, Guijun Zhang*. TargetDBP: Accurate DNA-Binding Protein Prediction via Sequence-based Multi-View Feature Learning. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. DOI:10.1109/TCBB.2019.2893634, 2019. [Web Server]
Xiaogen Zhou,Guijun Zhang*. Differential evolution with underestimation-based multimutation strategy. IEEE Transactions on Cybernetics, 49(4): 1353-1364, 2019.
Guijun Zhang*, LaiFa Ma, Xiaoqi Wang, Xiaogen Zhou. Secondary structure and contact guided differential evolution for protein structure prediction. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. DOI: 10.1109/TCBB.2018.2873691, 2018.
Xiaohu Hao, Guijun Zhang*, Xiaogen Zhou. Guiding exploration in conformational feature space with Lipschitz underestimation for ab-initio protein structure prediction. Computational Biology and Chemistry, DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2018.02.003, 2018.
Xiaogen Zhou, Guijun Zhang*. Abstract convex underestimation assisted multistage differential evolution. IEEE Transactions on Cybernetics, 47(9): 2730-2741, 2017.
Guijun Zhang*, Xiaogen Zhou, Xufeng Yu, Xiaohu Hao. Li Yu. Enhancing protein conformational space sampling using distance profile-guided differential evolution, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 14(6): 1288-1301, 2017.
Xiaohu Hao, Guijun Zhang*, Xiaogen Zhou. Conformational space sampling method using multi-subpopulation differential evolution for De novo protein structure prediction. IEEE Transactions on NanoBioscience, 16(7): 618-633, 2017
Xiaohu Hao, Guijun Zhang*, Xiaogen Zhou, Xufeng Yu. A Novel Method Using Abstract Convex Underestimation in Ab-initio Protein Structure Prediction for Guiding Search in Conformational Feature Space. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 13(5): 887-900, 2016.
Xiaogen Zhou, Guijun Zhang*, Xiaohu Hao, Li Yu. A novel differential evolution algorithm using abstract convex underestimate strategy for global optimization, Computers & Operations Research, 75(11): 132-149, 2016.
Xiaogen Zhou, Guijun Zhang*, Xiaohu Hao. Li Yu, Enhanced differential evolution using local Lipschitz underestimate strategy for computationally expensive optimization problems, Applied Soft Computing, 48(11): 169-181, 2016.
Guijun Zhang*, Li Yu, Qike Shao. Hybrid algorithm for more accurate global optimization of continuous multimodal function, Dynamics of Continuous Discrete and Impulsive Systems-Series A-Mathematical Analysis, 13(2) : 983-990, 2006.
Guijun Zhang*, Li Yu, Qike Shao. Continuous global optimization using enhanced differential evolution algorithm, Dynamics of Continuous Discrete and Inpulsive System-Series B-Application and Algorithms, 13(5): 2503-2508, 2006.
Guijun Zhang*, Tihua Wu, Rong Ye. Global optimization over linear constraint non-convex programming problem, Journal of Harbin Institute of Technology, 12(6): 650-655, 2005.
Guijun Zhang*, Tihua Wu, Rong Ye. Global optimization of pump configuration problem using extended crowding genetic algorithm, Chinese Journal of Mechanical Engineering, 17(2): 247-252, 2004.
武楚雄, 陈驰，张贵军*. 动态路网选址-路径优化算法及实现, 控制理论与应用, 2020年，录用.
王柳静, 张贵军*, 周晓根. 基于状态估计反馈的策略自适应差分进化算法, 自动化学报, 2018年，录用.
周晓根, 张贵军*, 郝小虎, 俞立. 一种基于局部Lipschitz下界估计支撑面的差分进化算法, 计算机学报, 39(12): 2631-2651, 2016.
周晓根, 张贵军*, 郝小虎. 局部抽象凸区域剖分差分进化算法, 自动化学报, 41(7): 1315-1327, 2015.
张贵军*, 何洋军, 郭海锋, 冯远静, 徐建明. 基于广义凸下界估计的多模态差分进化算法, 软件学报, 24(6): 1177?1195, 2013.
吴海涛, 张贵军*, 洪榛, 俞立. 进化树拓扑路网构建及多停靠点路径规划方法研究, 计算机学报, 35(5):964-971, 2012.
周晓根, 张贵军*, 梅珊, 明洁. 基于抽象凸估计选择策略的差分进化算法. 控制理论与应用, 32(03): 388-397, 2015.
邓勇跃, 张贵军*. 基于局部抽象凸支撑面的多模态优化算法, 控制理论与应用, 31(4): 458-466, 2014.
张贵军*, 洪榛, 俞立, 郭海锋. 调速泵结构配置协调分解优化算法及实现, 控制理论与应用, 28(5): 659-666, 2011.
张贵军*, 王信波, 俞立, 冯远静. 求解高维多模优化问题的自适应差分进化算法, 控制理论与应用, 25(3): 862-867, 2008.
张贵军*, 俞立, 吴惕华. 线性约束非线性函数全局优化算法的研究, 控制理论与应用, 22(1): 1-6, 2005.
张贵军*, 王柳静,周晓根, 丁情. 基于共轭增强策略的差分进化算法, 控制与决策，32(07): 1313-1318, 2017.
张贵军*, 陈铭, 周晓根. 动态小生境半径两阶段多模态差分进化算法, 控制与决策, 31(07): 1185-1191, 2016.
张贵军*, 周晓根. 基于抽象凸下界估计的群体全局优化算法, 控制与决策, 30(06): 1116-1120, 2015.
张贵军*, 郝小虎, 周晓根, 秦传庆.动态步长蛋白质构象空间搜索方法, 吉林大学学报, 46(2): 585-594, 2016.
张贵军*, 吴惕华. 三级泵优化配置问题算法设计与求解, 上海交通大学学报, 39(2): 1984-1987, 2005.
张贵军*, 吴惕华. CTSP问题稳态小生境算法的研究及仿真实现, 系统仿真学报, 16(8): 1692-1696, 2004.
张贵军*, 吴惕华. GIS线性矢量图形最优路径算法研究及仿真实现, 系统仿真学报, 15(4) : 551-553,2003.
会议论文
Xiaogen Zhou, Guijun Zhang*. Double estimation of distribution guided sampling algorithm for De-novo protein structure prediction, CCC,大连, 9853-9858. 2017.
Xiaogen Zhou, Guijun Zhang*, Xiaohu Hao, Li Yu, Dongwei Xu. Differential Evolution with multi-stage strategies for global optimization. IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2016 7.24~29. Canada, 2016.
Guijun Zhang*, Xufeng Yu, Xiaogen Zhou, Xiaohu Hao. A population-based conformational optimal algorithm using replica-exchange in ab-initio protein structure prediction, Chinese Control and Decision Conference (CCDC2016), 2016.
发明专利
张贵军, 俞立, 郭海锋, 王信波, 洪榛. 多级调速泵结构模型的配置方法, 2011.02(授权日), 中国, 授权号：ZL200810163693.0
张贵军, 吴海涛, 洪榛, 俞立, 郭海锋, 何尚秋, 陈宁宁. 一种基于模糊匹配的中文地理编码确定方法, 2012.05(授权日), 中国, 授权号：ZL200910156650.4
张贵军, 吴海涛, 郭海锋, 洪榛, 何洋军, 金媚媚, 俞立. 一种基于进化树拓扑路网构建的路径规划确定方法, 2013.01(授权日),中国, 授权号： ZL201010606776.X
张贵军, 程正华, 邓勇跃, 周晓根, 何洋军, 姚春龙, 张贝金. 一种多模态蛋白质构象空间搜索方法, 2015.10(授权日), 中国, 授权号：ZL201210593379.2
张贵军, 姚春龙, 张贝金, 陈麒伉, 程正华, 邓勇跃, 明洁, 刘玉栋, 秦传庆. 一种基于富网络属性路网的物流配送方法, 2016.02(授权日), 授权号：ZL201310027566.9
张贵军, 程正华, 姚春龙, 邓勇跃, 周晓根, 陈先跑. 基于差分进化和构象空间退火的蛋白质三维结构预测方法, 2016.04(授权日), 中国, 授权号：ZL201310299435.6
张贵军, 陈先跑, 周晓根, 秦传庆, 张贝金, 明洁, 刘玉栋. 一种基于蒙特卡洛局部抖动和片段组装的蛋白质三维结构预测方法, 2016.06(授权日), 中国, 授权号：ZL201310720089.4
张贵军, 邓勇跃, 程正华, 周晓根, 姚春龙, 张贝金, 明洁. 一种基于抽象凸下界估计的蛋白质结构预测方法, 2016.6(授权日), 中国, 授权号：ZL201310329575.3
张贵军, 陈铭, 明洁, 姚春龙, 张贝金, 程正华, 邓勇跃, 刘玉栋, 秦传庆. 一种基于meanshift分类的大规模客户点分类配送方法. 2016.11 (授权日), 中国, 授权号：ZL201310547712.0
张贵军, 秦传庆, 周晓根, 郝小虎, 张贝金, 明洁. 一种快速图形相似度判别方法. 2017.01 (授权日), 中国, 授权号：ZL201310677109.4
张贵军, 陈铭, 秦传庆, 周晓根, 梅珊, 李章维. 一种基于树搜索和片段组装的蛋白质结构预测方法. 2017.01 (授权日), 中国, 授权号：ZL201410138175.9
张贵军, 李栋炜, 夏华栋, 张贝金, 刘玉栋. 一种基于包围球模型的三维电缆相交检测方法. 2017.02(授权日), 中国, 授权号：ZL201410352387.7
张贵军, 郝小虎, 秦传庆, 周晓根, 程正华, 陈铭, 明洁. 一种构象空间动态步长搜索方法. 2017.04(授权日), 中国, 授权号：ZL201410362507.1
张贵军, 张贝金, 李栋炜, 夏华栋, 刘玉栋. 一种基于禁忌差分进化和GIS的配电网络线路规划方法. 2017.05(授权日), 中国, 授权号：ZL201410354190.7
张贵军, 郝小虎, 周晓根, 秦传庆, 梅珊. 一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化方法. 2017.06(授权日), 中国, 授权号：ZL201410354134. 3
张贵军, 郝小虎, 周晓根, 陈凯, 梅珊, 俞旭锋, 李章维.一种基于简约空间抽象凸下界估计的蛋白质构象优化方法. 2017.06(授权日), 中国, 授权号：ZL201410686664.8
张贵军, 秦传庆, 周晓根, 郝小虎, 梅珊, 陈先跑, 李章维.一种基于树结构副本交换和片段组装的蛋白质结构预测方法. 2017.08(授权日), 中国, 授权号：ZL201410353661.2
张贵军, 明洁, 刘玉栋, 周晓根, 张贝金, 秦传庆. 一种基于多模式公交组合调度的时刻表编制方法. 2017.09(授权日), 中国, 授权号：ZL201410452172.2
张贵军, 郝小虎, 俞旭锋, 周晓根, 陈凯, 徐东伟. 一种用于蛋白质结构预测的距离谱构建方法. 2017.09(授权日), 中国, 授权号：ZL201510310053.8
张贵军, 俞旭锋, 郝小虎, 周晓根, 陈凯, 徐东伟. 一种基于副本交换的群体构象空间优化方法. 2017.10(授权日), 中国, 授权号：ZL201510157605.6
张贵军, 龚伟奇, 陈凯, 王宇凯, 姚俊, 贺智远, 周晓根. 一种基于Android平台的NFC读写方法. 2017.10(授权日), 中国, 授权号：ZL201510390416.3
张贵军, 俞旭峰, 周晓根, 郝小虎, 陈凯, 徐东伟. 一种基于Bolzmann概率密度函数的蛋白质残基间距离模型构建方法. 2017.12(授权日), 中国, 授权号：ZL201510796279.3
张贵军, 俞旭峰, 郝小虎, 周晓根, 陈凯, 徐东伟. 一种基于距离谱的群体构象空间优化方法. 2018.03(授权日), 中国, 授权号：ZL201510308750.X
张贵军, 周晓根, 王柳静, 郝小虎, 俞旭峰, 徐东伟, 李章维. 一种基于群体Lipschitz下界估计的蛋白质结构预测方法. 2018.04 (授权日), 中国, 授权号：ZL201610219089.X
张贵军，周晓根, 俞旭峰, 郝小虎, 王柳静, 徐东伟, 李章维. 一种基于阶段性多策略的群体构象空间采样方法. 2018.06(授权日), 中国, 授权号：ZL201610121504.8
张贵军，郝小虎, 俞旭锋, 周晓根, 陈凯, 徐东伟. 一种基于副本交换和局部增强策略的群体构象空间搜索方法，2018.06(授权日), 中国, 授权号：ZL201510310103.2
张贵军，郝小虎, 俞旭锋, 周晓根, 陈凯, 徐东伟. 一种局部增强的差分进化蛋白质构象空间搜索方法，2018.06(授权日), 中国, 授权号：ZL201510310223.2
张贵军，周晓根, 俞旭锋, 郝小虎, 王柳静, 徐东伟, 李章维. 一种基于局部Lipschitz支撑面的双层差分进化蛋白质结构预测方法, 2018.09(授权日), 中国, 授权号：ZL201610265960.X
张贵军，周晓根, 俞旭锋, 郝小虎, 王柳静, 徐东伟. 一种基于质心变异策略的差分进化蛋白质结构预测方法, 2018.09(授权日), 中国, 授权号：ZLZL201610390675.0
张贵军，俞旭锋，周晓根，郝小虎，徐东伟，李章维. 一种基于距离约束选择策略的群体构象空间优化方法. 2018.09(授权日), 中国, 授权号：ZL 201510608518.8
张贵军，陈凯，俞旭锋，姚俊，丁情，徐东伟，李章维. 一种多层嵌套的json格式数据的命名解析方法. 2018.09(授权日), 中国, 授权号：ZL2016101403259
张贵军，俞旭锋，周晓根，郝小虎，王柳静. 一种基于阶段性多策略副本交换的蛋白质结构预测方法. 2018.09(授权日), 中国, 授权号：ZL201610390366.3
张贵军，李栋炜，周晓根，姚俊，陈凯，徐东伟，李章维. 一种基于K-means聚类的道路交通畅通度判断方法. 2018.10(授权日), 中国, 授权号：ZL2016103045713
张贵军，陈凯，周晓根，郝小虎，赵策，徐东伟，李章维. 一种基于json格式数据的命名匹配方法. 2018.10(授权日), 中国, 授权号：ZL201610139793.4
张贵军，俞旭锋，周晓根，郝小虎，王柳静. 一种基于深度学习的蛋白质结构预测方法. 2019.1(授权日) , 中国, 授权号：201610735964.X
张贵军，周晓根，王柳静，郝小虎，俞旭锋，李章维. 一种基于局部抽象凸支撑面的多策略群体蛋白质结构预测方法. 2019.1(授权日) , 中国, 授权号：ZL201610884824.9
张贵军，郝小虎，周晓根，王柳静，李章维. 一种基于量子进化算法的蛋白质构象空间优化方法. 2019.1(授权日) , 中国, 授权号：ZL201611003479.X
张贵军, 郝小虎, 王柳静, 周晓根, 陈凯, 谢腾宇, 李章维. 一种局部增强的多模态差分进化蛋白质结构从头预测方法. 2019.4(授权日), 中国, 授权号：ZL201610846348.1
张贵军, 郝小虎, 周晓根, 王柳静, 陈凯, 王小奇, 李章维. 一种基于多阶段子群协同进化策略的差分进化蛋白质结构从头预测方法. 2019.4(授权日), 中国, 授权号：ZL201610846217.3
张贵军, 周晓根, 郝小虎, 王柳静, 俞旭锋. 一种基于Rosetta局部增强的群体蛋白质结构预测方法. 2019.7(授权日) , 中国, 授权号：ZL201611176255.9
张贵军, 周晓根, 郝小虎, 王柳静, 俞旭锋, 徐东伟, 李章维. 一种基于抽象凸估计的多阶段差分进化蛋白质结构预测方法. 2019.7(授权日), 中国, 授权号：ZL 201610845314.0
张贵军, 郝小虎, 谢腾宇, 周晓根, 王柳静. 一种双重分布估计引导的蛋白质构象空间搜索方法. 2019.7(授权日) , 中国, 授权号：ZL201710148984.1
张贵军, 陈凯, 赵策, 段红超, 张静, 钱诗宇, 禹鑫燚. 一种基于柔性制造系统的产品工序追踪方法. 2019.11(授权日) , 中国, 授权号：ZL201710016808.2